Modelé lors de la dernière glaciation et limité par le massif des Bauges à l'Ouest et par celui des Bornes à l'Est, le lac d'Annecy comprend encore deux grandes unités humides sur ses rives.
D'une part, à l'extrémité Sud, le long de la rivière Eau morte, les marais du Bout du Lac et de Giez Doussard et Faverges. D'autre part sur la rive Ouest, les marais de l'Enfer et les Roselières du lac sur la Commune de Saint Jorioz. La thématique principale de ce site est la gestion de la ressource en eau. Lors du dépôt du projet de programme, le réseau Natura 2000 souffrait d'un déficit d'acceptation par les acteurs locaux (menace n°1) et, malgré leur qualité, ces milieux humides étaient insuffisamment intégrés dans les politiques de développement territorial (menace n°2). La fermeture des milieux ouverts par défaut d'entretien (menace n°3) et le risque d'endommagement des habitats par sur-fréquentation (menace n°5) est réel dans un bassin aussi fréquenté que celui d'Annecy, tant par les habitants de proximité que par les visiteurs estivants.