Les enjeux de gestion du site des Bauges sur les surfaces herbagères, essentiellement privées, sont de redéployer une activité pastorale sur les surfaces difficile d’exploitation et partiellement embroussaillée, tout en diminuant la pression de pâturage sur les prairies plates dont la flore à tendance à se banaliser du fait d’une exploitation trop intensive. Il s’agit de rechercher des solutions agronomiques adaptées à ces enjeux en intégrant de façon pertinente les surfaces à enjeux dans les systèmes d’exploitation en place ou situés à proximité. Il s’agit aussi de faire en sorte que ces enjeux soient partagés par les acteurs du territoire (agriculteurs, techniciens pastoraux) et qu’ils puissent être pris en compte dans le cadre de contrats de gestion.

Les enjeux de gestion sur la forêt relèvent de la prise en compte des milieux fragiles lors des travaux d’exploitation, mais aussi de la gestion effective des forêts. Si la forêt publique bénéficie de plan d’aménagement forestier qui concourent à la gestion durable des habitats, il n’en est pas de même en forêt privée ou le morcellement foncier entraîne un quasi non entretien des forêts, qui ont pourtant souvent besoin de coupes d’éclaircies ou d’abattage. Il s’agit d’accompagner les acteurs sylvicoles dans une gestion effective des forêts et de prendre en compte les habitats et espèces remarquables au moment de la planification de la gestion.
L’appropriation des enjeux de conservation de la biodiversité est un enjeu général au site des Bauges. A la fois les acteurs institutionnels (PNR, élus, partenaires techniques, administration) doivent se saisir de ces questions, mais aussi les gestionnaires des terrains (agriculteurs, forestiers) et le grand public doivent pouvoir intervenir concrètement sur la biodiversité, grâce à une information technique ou de communication adaptée.